转录组数据库是什么意思？

一、转录组数据库是什么意思？

转录组数据库的意思是:

对经过不同类型试剂(小分子化合物为主)处理的细胞系进行转录组层面的测序，分析这些试剂所造成的相对于正常细胞系的差异基因图谱。

并基于差异基因结果，提供一系列后续分析方案。

而CMAP(CONNECTIVITY MAP)正是LINCS Center for Transcriptomics at the Broad Institute(cellular phenotype→转录表达水平)，使用L1000测序方法建立起来的数据库。

二、转录组的意义？

转录组广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及其他非编RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

转录组测序技术是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等用高通量测序技术把它们的序列测出来。全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。反映出它们的表达水平。

三、转录组数据是什么？

是转录组原始数据。

转录组原始数据包括递交原始序列。

转录组有两部分数据要递交，首先是拼接的转录组序列，一般递交到tsa上，另一个是fastq的原始测序数据，一般递交到sra上。前两年还有论文只提交tsa不递交原始数据，目前发表的论文基本都要提交。这也是便于其他人可以完全重复你的实验和数据分析的必要要求。

四、转录组名词解释？

转录组

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

中文名

转录组

外文名

transcriptome

概念

所有mRNA的集合

优势

无需预先针对已知序列设计探针

概念

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及其他非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

五、转录组和基因组的区别？

转录组指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

而基因组是指生物体所有遗传物质的总和。这些遗传物质包括DNA或RNA（病毒RNA）。

两者为不同的生物概念，所指含义不同，意义也不一样。

六、全基因组和转录组区别？

基因组：以生物体所有的核酸为研究对象，狭义的基因组定义为生命体的全套DNA，广义的基因组则包含DNA、mRNA、lncRNA等参与到基因表达调控的所有核酸序列。其主要研究手段为基因测序，以华大基因为代表。转录组通常可认为是基因组的简化研究手段，即所有转录本的集合。

蛋白组：生物体基因组所编码的全套蛋白质。鉴于蛋白质表达的时空特异性，各组织器官或者特定亚细胞结构器（如线粒体、叶绿体），甚至是外泌蛋白，也可以成为一个蛋白组。所以蛋白质组是信号转导、分子发育最为直接的手段。其主要研究手段为生物质谱，在国内以牟合蛋白为典型。

代谢组：生物体内源性代谢物质的动态整体，通常只涉及相对分子质量约小于1000的小分子代谢物质。因其与蛋白质组一样可以很好的指针细胞、机体的生命活动状态，所以常常被用作临床生物标志物的筛选。目前，代谢组的研究也只能借助生物质谱完成。

七、转录组学名词解释？

转录组学

转录组学，是指一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关键环节。所谓基因表达，是指基因携带的遗传信息转变为可辨别的表型的整个过程。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。通常，同一种组织表达几乎相同的一套基因以区别于其他组织，如脑组织或心肌组织等分别只表达全部基因中不同的30%而显示出组织的特异性。

八、转录组等材料是什么？

就是包含mRNA和非编码RNA（miRNA、lncRNA、环状RNA），普通转录组就是mRNA，所谓的全就是以上全测了。

九、转录组学用什么引物？

随机引物 适用于长的或具有发卡结构的RNA。适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录反应。主要用于单一模板的RT-PCR反应。

Oligo dT 适用于具有PolyA尾巴的RNA。（原核生物的RNA、真核生物的 Oligo dT rRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。）由于Oligo dT要结合到PolyA 尾巴上，所以对RNA样品的质量要求较高，即使有少量降解也会使全长cDNA合成量大大减少。

基因特异性引物 与模板序列互补的引物，适用于目的序列已知的情况。

random 6碱基的随机引物

十、转录组测序怎么选择材料？

1. 植物组织：植物组织一般要求重量大于 4g。首先我们要准备好液氮预冷的无酶管，并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理，尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集，然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗，吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻（时间不要太短哦），待彻底冷冻后，转移至-80℃冰箱保存。

2. 动物组织：送样的重量一般要求在 2g以上。若在实验室中取样，做好器械的消毒和去RNA酶处理的前期工作后，迅速进行取样。取下的样品用RNase-free水迅速进行冲洗，吸干表面水分，放入预先放置在液氮中预冷的无酶管中，速冻一段时间，转入-80℃冰箱保存；对于野外采样，无法携带液氮等情况时，可以使用RNA保护剂。用RNase-free水对样品表面进行快速清洗，然后迅速切割成规定的大小（约黄豆粒），将样品完全浸没在RNA保护剂中，可以置于4℃中过夜（使保护剂渗透进组织中），转移至-80℃冰箱保存。

3.细胞样品：转录组测序中，细胞一定要达到足够的数量，以保证抽提的RNA的量。所以对于培养的细胞系，首先要确定细胞数量（建议5×10^6以上）。首先对收集好的细胞用1×PBS清洗几遍，贴壁培养的先用少量胰酶消化一下（切记不要消化过度），离心，弃PBS，加入适量的Trizol裂解液并反复吹打混匀，直至形成清亮透明的液体，转移至无酶管中，放-80℃冰箱保存。细胞量比较少的话，可以联系我们的技术同事，来针对性给出合理化建议以便RNA抽提。

4.血液样品：血液样本一般要求2ml以上。当然我们要区分全血、血浆还是血清，不同的样本因为自身特性不同需要区别对待。

全血样品记得一定要用抗凝采血管采集（不推荐肝素抗凝管，可用EDTA、柠檬酸钠抗凝剂的抗凝管），采血后轻轻倒转采血管混合4~5次，使抗凝剂与血液混匀。将采集好的全血快速转移至单独的冻存管或离心管，按照每250ul/管分装，加750ul(即三倍体积)的Trizol LS（家禽、鱼类等红细胞有核物种，按照 1:8 或 1:10 比例添加 Trizol LS/Trizol），混匀。液氮速冻后，放-80℃冰箱保存。每个环节尽可能的快速完成，避免RNA的降解。