怎么筛选PDB数据库中的蛋白？

一、怎么筛选PDB数据库中的蛋白？

打开PDB数据库输入你知道的PDB编号 如果不知道编号就输入英文名称或者简称,搜索后出现蛋白质列表 一个个看 看哪个是你想要的.点一下,右上方有下载链接.下载xxx.pdb到本地磁盘后 用pymol或者rasmol软件打开看.或者用文本编辑器打开看详细的附加信息.

二、在linux中如何建蛋白序列数据库

使用create命令建立mysql数据库: 新建数据库例：

1.以mysql最高管理员登录，在mysql>create database XXXXX; xxxxx即为数据库名. 2.在mysql中如何创建用户,使该用户对该数据库有完全权限. 3.可 以 用 GRANT 命 令 ， 格 式 如 下 : GRANT 许可权 ON 数据库名.表名 TO 新用户名@主机名 IDENTIFIED BY '密码'; grant all on husidb.* to john@localhost identified by ’201314’; 注:每一句mysql语句后面都跟有;号.注意大小写.

三、蛋白质数据库包括哪四种？

PIR：蛋白质信息资源SWISS-PROT：蛋白质序列和注解PDB：国家实验室蛋白质数据库MMDB:蛋白质分子模型数据库

四、动物蛋白是优质蛋白吗！？

动物蛋白当然是优质蛋白，无论你是肉食主义还是素食主义，都不要否认基本的常识。

在营养学上，有一个专门指数用来评价食物蛋白质的质量，那就是生物价。它的定义，就是不同的食物中蛋白质，在被人体摄入后，可以转化成自体蛋白质的程度。一般我们会把全鸡蛋的蛋白质生物价定为基准值，也就是100。那么，如果某种蛋白质，我们的摄入量比鸡蛋少的情况下，也能维持机体平衡，那它的生物价就高于100。相反，如果一种蛋白质我们要摄入得比鸡蛋更多才能维持平衡，那它的生物价就低于100。

基于生物价，我们可以把食物中的蛋白划分为优质蛋白，也就是生物价比较高，人体利用比较充分的蛋白，和它相反的呢，就是劣质蛋白。一般来说，动物的肉类里，氨基酸比例比较接近人类，也更能够被人体利用，所以大多属于优质蛋白。而植物蛋白呢，生物价就会低一点。其主要原因呢，是因为植物蛋白中的氨基酸构成和人体的不太一样，所以人体对这些蛋白的利用率不高。比如谷物中的蛋白质，赖氨酸的比例就偏低，生物价也低。

不管你偏好什么饮食，首先应该承认科学，而不是像一些回答里那样睁着眼睛说瞎话自己骗自己。当然，如果你想用植物作为主要蛋白摄入来源，也不是不行。对此呢，可以有针对性的添加一些植物蛋白中缺乏的氨基酸，就可以大大提高它的利用率。还有一种提高食物蛋白生物价的方法就是不同食物搭配，可以彼此取长补短。比如大米配豆子，蛋白质利用率就更高。还有土豆配鸡蛋，搭配得好的话，生物价甚至比单吃鸡蛋更高。

想要了解更多，就来看看我在盐选专栏开讲的《知识青年健身课》吧~

五、目前国际上最权威的蛋白质序列数据库是？

SWISS--PROT是由Geneva大学和欧洲生物信息学研究所(EBI)于1986年联合建立的，它是目前国际上权威的蛋白质序列敬据库。

SWISS--PROT中的蛋白质序列是经过注释的。SWISS--PROT中的数据来源于不同源地:(1)从核酸数据库经过翻译推导而来(2)从蛋白质数据库PR挑选出合适的数据;(3)从科学文献中摘录;(4)研究人员直接提交的蛋白质序列数据。2004年3月的SWSSPROT43.0版本有146720序列登录项，包含摘自113719篇参考文献的54093154个氨基酸。

六、如何建立数据库，利用什么软件建立数据库？

啥叫数据库？excel也可以算，access也可以算，mysql也可以算，hbase也可以算，你要数据库干啥，决定了你怎么搭建数据库。

七、说牛肉是优质蛋白，那有普通蛋白和劣质蛋白吗？

谢邀！蛋白质本身是由是由不同的L型α氨基酸所形成的线性聚合物，难以被直接吸收，蛋白质必须被分解成多肽（一般氨基酸的数目在50以下），或者氨基酸才能被吸收。

评价蛋白好坏的第一步：好不好分解，比如羽毛也是蛋白，但含有“双硫键（-S-S-）的角蛋白”，动物体吃下去根本消化不了。只能采用水解的方式打破牢固的化学键，喂给动物吃。一般动物体吃下去不太好分解的，我们可以把它们叫劣质蛋白。

评价的蛋白好坏的第二步：蛋白质分解后含有的氨基酸是不是人体需要的，人体能不能合成的氨基酸，必须从食物中获得，尽管人体能消化吸收以及利用的胺基酸只有20种。但有9种氨基酸（婴儿为10种）是成人体内不能合成或合成速度不能满足机体的需要。能满足的有多，蛋白越好。

这几种氨基酸被称为必需氨基酸（EAA），即亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、苏氨酸、赖氨酸、组氨酸，精氨酸为小儿生长发育期间的必需氨基酸，胱氨酸、酪氨酸、牛磺酸为早产儿所必需。

必须氨基酸非常重要，人体的器官由于蛋白组成，不同器官之所以功能不同，是因为氨基酸组成不同。在RNA根据DNA翻译成蛋白的过程中，每三个碱基对决定一种氨基酸。如果刚好这种必须氨基酸没有，那么可能就会失去原有的功能而影响生命。

评价的蛋白好坏的第三步：蛋白质分解成的氨基酸是不是刚好符合动物体需要氨基酸的比例，没有太多浪费。不存在不是这种氨基酸太多了，那种又少，或者大多是人体能自己合成的，不能合成的氨基酸又不够。

综合以上三步，好分解的、必须氨基酸含量多的，比例较恰当，没有太多浪费的可以我们可以叫它优质蛋白，比如鸡蛋、奶等。好分解的、必须氨基酸含量较多的，比例没那么恰当的，我们可以叫它普通蛋白，日常的肉、植物蛋白等等。难以分解、吸收的我们可以叫它劣质蛋白。

八、数据库设计?

本文档明确数据库设计原则和规范，规范数据库对象命名方式，见名知意，强化分工，保证数据库高效稳定运行

1 数据库设计原则

1) 充分考虑业务逻辑和数据分离，数据库只作为一个保证ACID特性的关系数据的持久化存储系统，尽量减少使用自定义函数、存储过程和视图，不用触发器。

2) 充分考虑数据库整体安全设计，数据库管理和使用人员权限分离。

3) 充分考虑具体数据对象的访问频度及性能需求，结合主机、存储等需求，做好数据库性能设计。

4) 充分考虑数据增长模型，决策是否采用“分布式（水平拆分或者垂直拆分）”模式。

5) 充分考虑业务数据安全等级，设计合适的备份和恢复策略。

2 设计规范

2.1 约定

1) 一般情况下设计遵守数据的设计规范3NF，尽量减少非标准范式或者反模式使用。

3NF规定：

Ø 表内的每一个值都只能被表达一次。

Ø 表内的每一行都应该被唯一的标识（有唯一键）。

Ø 表内不应该存储依赖于其他键的非键信息。

常见关键字（不得直接作为相关命名）：range、match、delayed、select、and、from、where、not、in、out、add、as、user、name、key、index、type、group、order、max、min、count、concat、by、desc、asc、null等等，更多请参考 MySQL 官方保留字。

2) 数据库和表的字符集统一：字符集（utf8mb4），排序规则（utf8mb4_general_ci）

2.2 表设计规范

1) 应该根据系统架构中的组件划分，针对每个组件所处理的业务进行组件单元的数据库设计；不同组件间所对应的数据库表之间的关联应尽可能减少，确保组件对应的表之间的独立性，为系统或表结构的重构提供可能性。

2) 采用领域模型驱动的方式和自顶向下的思路进行数据库设计，首先分析系统业务，根据职责定义对象。对象要符合封装的特性，确保与职责相关的数据项被定义在一个对象之内，不会出现职责描述缺失或多余。

3) 应针对所有表的主键和外键建立索引，有针对性地建立组合属性的索引。

4) 尽量少采用存储过程。

5) 设计出的表要具有较好的使用性。

6) 设计出的表要尽可能减少数据冗余，确保数据的准确性。

2.3 字段规范

1) 一行记录必须表内唯一，表必须有主键。

2) 如果数据库类型为MYSQL ，应尽量以自增INT类型为主键。如果数据库类型为ORACLE，建议使用UUID为主键。

3) 日期字段，如需要按照时间进行KEY分区或者子分区，则使用VARCHAR2类型存储，存储格式为：YYYYMMDD 。如若不需要以KEY形式作为分区列，则使用DATE或者DATETIME类型存储。不建议使用时间戳存储时间。

4) 字段名称和字段数据类型对应，如DATE命名字段，则存储时间精确到日，如TIME命名字段，则存储时间精确到时分秒，甚至毫秒。

2.4 命名规范类

2.4.1 约定

1) 数据库对象命名清晰，尽量做到见名知意，在进行数据库建模时备注对象，便于他人理解。

2) 数据库类型为MYSQL,采用全小写英文单词

3) 数据库类型为ORACLE，则使用驼峰式命名规范

4) 数据库对象命名长度不能超过30个字符

3 管理范围

管理数据库中所有对象，包括库，表，视图，索引，过程，自定义函数，包，序列，触发器等

3.1 建库

1) 数据库名：采用小写英文单词简拼或汉字小写拼音,多个单词或拼音采用下划线"_"连接

2) 数据库编码规则及排序规则：字符集（utf8mb4），排序规则（utf8mb4_general_ci）

3) 建库其他要求：库名与应用名称尽量一致

3.2 建表

表名应使用名词性质小写英文单词。如果需要单词词组来进行概括，单词与单词之间使用英文半角输入状态下_连接。如果超长，则从前面单词开始截取，保留单词前三位，保留完整的最后一个单词，如果依然超长，则保留前面单词首字母，直接和最后一个单词连接；临时表命名以TMP开头，命名格式为TMP_模块/用途名称_名字拼音首字母；表名不能直接采用关键字命名

1) 表命名：采用“业务名称_表的作用”格式命名（例如：alipay_task / force_project / trade_config）

2) 建表其他要求：表名长度不能超过30个字符；一定要指定一个主键字段；必须要根据业务对表注释；如果修改字段含义或对字段表示的状态追加时，需要及时更新字段注释；

3) 表必备字段：

`is_delete` tinyint(1) unsigned NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '状态（1删除、0未删除）',

`is_enabled` tinyint(1) unsigned NOT NULL DEFAULT '1' COMMENT '状态（1启用、0作废）',

`op_first` varchar(50) DEFAULT NULL COMMENT '创建人',

`op_first_time` datetime DEFAULT NULL COMMENT '创建时间',

`op_last` varchar(50) DEFAULT NULL COMMENT '更新人',

`op_last_time` datetime DEFAULT NULL COMMENT '更新时间',

3.3 建字段

1) 字段命名：

表中标识唯一性字段必须以标识性简称+id命名。其余字段根据存储信息，使用名词性质英文单词表示，如需要单词词组来进行概括，单词与单词之间使用英文半角输入状态下_连接。外键引用字段使用外键表_id的形式命名；字段名必须使用小写字母或数字，禁止出现数字开头，禁止两个下划线中间只出现数字；表达是与否概念的字段，必须使用 is_xxx 的方式命名，数据类型是 unsigned tinyint；表达逻辑删除的字段名 is_deleted，1 表示删除，0 表示未删除

2) 字段类型、长度

如果存储的字符串长度几乎相等，使用 char 定长字符串类型；小数类型为 decimal；id 必为主键，类型为 bigint unsigned；应尽量以自增INT类型为主键；优先选择符合存储需要的最小的数据类型；将字符串转化为数字类型存储；对于非负数据采用无符号整形进行存储signed int -2147483648-2147483648，unsigned int 0-2147483648，有符号比无符号多出一倍的存储空间；varchar(n) n代表字符数，不是字节数，varchar(255)=765个字节，过大的长度会消耗更多的内存；避免使用text\BLOB数据类型，建议text\BLOB列分离到单独的扩展表中，text\BLOB类型只能使用前缀索引；避免使用enum数据类型，修改enum需要使用alter语句，enum类型的order by操作效率低，需要额外操作，禁止使用数值作为enum的枚举值；尽可能把所有列定义为not null，索引null列需要额外的空间来保存，所以要占用更多的空间，进行比较和计算时要对null值做特别的处理；禁止字符串存储日期型的数据，缺点1：无法用日期函数进行计算和比较，缺点2：用字符串存储日期要占用更多的空间；使用timestamp或datetime类型存储时间，timestamp存储空间更小；财务的相关金额使用decimal类型，decimal类型为精准浮点数，在计算时不会丢失精度，float、double非精准浮点数

3) 字段其他要求

字段名称长度不能超过30个字符、尽量减少或者不使用联合主键、字段尽可能不允许为null(为null时设定默认值)、文本类型字段，属性 字符集（utf8mb4），排序规则（utf8mb4_general_ci）、字段必须根据业务进行注释。

3.4 建索引

主键索引名为 pk_字段名；唯一索引名为 uk_字段名；普通索引名则为 idx_字段名。

说明：pk_ 即 primary key；uk_ 即 unique key；idx_ 即 index 的简称。

3.5 创建数据库表视图

1) 视图命名：以"v_项目名/模块名_用途"格式命名

2) 视图其他要求：视图名称长度不能超过30个字符

3.6 建存储过程及自定义数据库函数

1) 存储过程命名：以"sp_用途"格式命名

2) 自定义数据库函数：以“fn_用途”格式命名

3) 存储过程或自定义数据库函数：参数命名以“p_”开头命名；内部变量命名以“v_”开头命名；游标命名以“cur_loop_”开头命名；循环变量命名以“i_found_”开头命名。

3.7 建数据库用户

用户命名：采用授权用户姓名全拼小写命名

3.8 其他要求

1) 查询大数据表，参数字段需建索引；

2) 数据库表、字段删除或变更操作（a-不需要的表或字段，一般备注“作废”即可;b-需要修改的表或字段，先备注作废原表或原字段，再创建新表或新字段，且备注好作废原因。）；

九、牛奶蛋白属于什么蛋白？

牛奶蛋白又称牛乳蛋白，是牛奶中很多种蛋白质混和物总称。主要有酪蛋白和乳清蛋白两大部分组成。

前者牛奶在20摄氏度，PH值4.6条件下沉淀下来的蛋白质，余下溶解雨乳清的蛋白质均称为乳清蛋白，所有酪蛋白和乳清蛋白均为乳腺中的乳分泌细胞合成产物。

十、鸡蛋白属于植物蛋白还是动物蛋白？

动物蛋白。

蛋白的体积一般占整个鸡蛋的57%~58.5%，其中所含的蛋白质约为12%，主要是卵白蛋白，蛋白质中还含有一定的尼克酸、生物素和核黄素，以及多种矿物质。经常吃蛋白能够补充营养、增强免疫力、促进身体组织器官的修复和骨骼发育，对预防骨质疏松和小儿佝偻病也有一定的作用。