数据库
怎么筛选PDB数据库中的蛋白?
一、怎么筛选PDB数据库中的蛋白?
打开PDB数据库输入你知道的PDB编号 如果不知道编号就输入英文名称或者简称,搜索后出现蛋白质列表 一个个看 看哪个是你想要的.点一下,右上方有下载链接.下载xxx.pdb到本地磁盘后 用pymol或者rasmol软件打开看.或者用文本编辑器打开看详细的附加信息.
二、在linux中如何建蛋白序列数据库
使用create命令建立mysql数据库: 新建数据库例:
1.以mysql最高管理员登录,在mysql>create database XXXXX; xxxxx即为数据库名. 2.在mysql中如何创建用户,使该用户对该数据库有完全权限. 3.可 以 用 GRANT 命 令 , 格 式 如 下 : GRANT 许可权 ON 数据库名.表名 TO 新用户名@主机名 IDENTIFIED BY '密码'; grant all on husidb.* to john@localhost identified by ’201314’; 注:每一句mysql语句后面都跟有;号.注意大小写.
三、蛋白质数据库包括哪四种?
PIR:蛋白质信息资源SWISS-PROT:蛋白质序列和注解PDB:国家实验室蛋白质数据库MMDB:蛋白质分子模型数据库
四、动物蛋白是优质蛋白吗!?
动物蛋白当然是优质蛋白,无论你是肉食主义还是素食主义,都不要否认基本的常识。
在营养学上,有一个专门指数用来评价食物蛋白质的质量,那就是生物价。它的定义,就是不同的食物中蛋白质,在被人体摄入后,可以转化成自体蛋白质的程度。一般我们会把全鸡蛋的蛋白质生物价定为基准值,也就是100。那么,如果某种蛋白质,我们的摄入量比鸡蛋少的情况下,也能维持机体平衡,那它的生物价就高于100。相反,如果一种蛋白质我们要摄入得比鸡蛋更多才能维持平衡,那它的生物价就低于100。
基于生物价,我们可以把食物中的蛋白划分为优质蛋白,也就是生物价比较高,人体利用比较充分的蛋白,和它相反的呢,就是劣质蛋白。一般来说,动物的肉类里,氨基酸比例比较接近人类,也更能够被人体利用,所以大多属于优质蛋白。而植物蛋白呢,生物价就会低一点。其主要原因呢,是因为植物蛋白中的氨基酸构成和人体的不太一样,所以人体对这些蛋白的利用率不高。比如谷物中的蛋白质,赖氨酸的比例就偏低,生物价也低。
不管你偏好什么饮食,首先应该承认科学,而不是像一些回答里那样睁着眼睛说瞎话自己骗自己。当然,如果你想用植物作为主要蛋白摄入来源,也不是不行。对此呢,可以有针对性的添加一些植物蛋白中缺乏的氨基酸,就可以大大提高它的利用率。还有一种提高食物蛋白生物价的方法就是不同食物搭配,可以彼此取长补短。比如大米配豆子,蛋白质利用率就更高。还有土豆配鸡蛋,搭配得好的话,生物价甚至比单吃鸡蛋更高。
想要了解更多,就来看看我在盐选专栏开讲的《知识青年健身课》吧~
知识青年健身课:科学健身,成就好身材五、目前国际上最权威的蛋白质序列数据库是?
SWISS--PROT是由Geneva大学和欧洲生物信息学研究所(EBI)于1986年联合建立的,它是目前国际上权威的蛋白质序列敬据库。
SWISS--PROT中的蛋白质序列是经过注释的。SWISS--PROT中的数据来源于不同源地:(1)从核酸数据库经过翻译推导而来(2)从蛋白质数据库PR挑选出合适的数据;(3)从科学文献中摘录;(4)研究人员直接提交的蛋白质序列数据。2004年3月的SWSSPROT43.0版本有146720序列登录项,包含摘自113719篇参考文献的54093154个氨基酸。
六、如何建立数据库,利用什么软件建立数据库?
啥叫数据库?excel也可以算,access也可以算,mysql也可以算,hbase也可以算,你要数据库干啥,决定了你怎么搭建数据库。
七、说牛肉是优质蛋白,那有普通蛋白和劣质蛋白吗?
谢邀!蛋白质本身是由是由不同的L型α氨基酸所形成的线性聚合物,难以被直接吸收,蛋白质必须被分解成多肽(一般氨基酸的数目在50以下),或者氨基酸才能被吸收。
评价蛋白好坏的第一步:好不好分解,比如羽毛也是蛋白,但含有“双硫键(-S-S-)的角蛋白”,动物体吃下去根本消化不了。只能采用水解的方式打破牢固的化学键,喂给动物吃。一般动物体吃下去不太好分解的,我们可以把它们叫劣质蛋白。
评价的蛋白好坏的第二步:蛋白质分解后含有的氨基酸是不是人体需要的,人体能不能合成的氨基酸,必须从食物中获得,尽管人体能消化吸收以及利用的胺基酸只有20种。但有9种氨基酸(婴儿为10种)是成人体内不能合成或合成速度不能满足机体的需要。能满足的有多,蛋白越好。
这几种氨基酸被称为必需氨基酸(EAA),即亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、苏氨酸、赖氨酸、组氨酸,精氨酸为小儿生长发育期间的必需氨基酸,胱氨酸、酪氨酸、牛磺酸为早产儿所必需。
必须氨基酸非常重要,人体的器官由于蛋白组成,不同器官之所以功能不同,是因为氨基酸组成不同。在RNA根据DNA翻译成蛋白的过程中,每三个碱基对决定一种氨基酸。如果刚好这种必须氨基酸没有,那么可能就会失去原有的功能而影响生命。
评价的蛋白好坏的第三步:蛋白质分解成的氨基酸是不是刚好符合动物体需要氨基酸的比例,没有太多浪费。不存在不是这种氨基酸太多了,那种又少,或者大多是人体能自己合成的,不能合成的氨基酸又不够。
综合以上三步,好分解的、必须氨基酸含量多的,比例较恰当,没有太多浪费的可以我们可以叫它优质蛋白,比如鸡蛋、奶等。好分解的、必须氨基酸含量较多的,比例没那么恰当的,我们可以叫它普通蛋白,日常的肉、植物蛋白等等。难以分解、吸收的我们可以叫它劣质蛋白。
八、数据库设计?
本文档明确数据库设计原则和规范,规范数据库对象命名方式,见名知意,强化分工,保证数据库高效稳定运行
1 数据库设计原则
1) 充分考虑业务逻辑和数据分离,数据库只作为一个保证ACID特性的关系数据的持久化存储系统,尽量减少使用自定义函数、存储过程和视图,不用触发器。
2) 充分考虑数据库整体安全设计,数据库管理和使用人员权限分离。
3) 充分考虑具体数据对象的访问频度及性能需求,结合主机、存储等需求,做好数据库性能设计。
4) 充分考虑数据增长模型,决策是否采用“分布式(水平拆分或者垂直拆分)”模式。
5) 充分考虑业务数据安全等级,设计合适的备份和恢复策略。
2 设计规范
2.1 约定
1) 一般情况下设计遵守数据的设计规范3NF,尽量减少非标准范式或者反模式使用。
3NF规定:
Ø 表内的每一个值都只能被表达一次。
Ø 表内的每一行都应该被唯一的标识(有唯一键)。
Ø 表内不应该存储依赖于其他键的非键信息。
常见关键字(不得直接作为相关命名):range、match、delayed、select、and、from、where、not、in、out、add、as、user、name、key、index、type、group、order、max、min、count、concat、by、desc、asc、null等等,更多请参考 MySQL 官方保留字。
2) 数据库和表的字符集统一:字符集(utf8mb4),排序规则(utf8mb4_general_ci)
2.2 表设计规范
1) 应该根据系统架构中的组件划分,针对每个组件所处理的业务进行组件单元的数据库设计;不同组件间所对应的数据库表之间的关联应尽可能减少,确保组件对应的表之间的独立性,为系统或表结构的重构提供可能性。
2) 采用领域模型驱动的方式和自顶向下的思路进行数据库设计,首先分析系统业务,根据职责定义对象。对象要符合封装的特性,确保与职责相关的数据项被定义在一个对象之内,不会出现职责描述缺失或多余。
3) 应针对所有表的主键和外键建立索引,有针对性地建立组合属性的索引。
4) 尽量少采用存储过程。
5) 设计出的表要具有较好的使用性。
6) 设计出的表要尽可能减少数据冗余,确保数据的准确性。
2.3 字段规范
1) 一行记录必须表内唯一,表必须有主键。
2) 如果数据库类型为MYSQL ,应尽量以自增INT类型为主键。如果数据库类型为ORACLE,建议使用UUID为主键。
3) 日期字段,如需要按照时间进行KEY分区或者子分区,则使用VARCHAR2类型存储,存储格式为:YYYYMMDD 。如若不需要以KEY形式作为分区列,则使用DATE或者DATETIME类型存储。不建议使用时间戳存储时间。
4) 字段名称和字段数据类型对应,如DATE命名字段,则存储时间精确到日,如TIME命名字段,则存储时间精确到时分秒,甚至毫秒。
2.4 命名规范类
2.4.1 约定
1) 数据库对象命名清晰,尽量做到见名知意,在进行数据库建模时备注对象,便于他人理解。
2) 数据库类型为MYSQL,采用全小写英文单词
3) 数据库类型为ORACLE,则使用驼峰式命名规范
4) 数据库对象命名长度不能超过30个字符
3 管理范围
管理数据库中所有对象,包括库,表,视图,索引,过程,自定义函数,包,序列,触发器等
3.1 建库
1) 数据库名:采用小写英文单词简拼或汉字小写拼音,多个单词或拼音采用下划线"_"连接
2) 数据库编码规则及排序规则:字符集(utf8mb4),排序规则(utf8mb4_general_ci)
3) 建库其他要求:库名与应用名称尽量一致
3.2 建表
表名应使用名词性质小写英文单词。如果需要单词词组来进行概括,单词与单词之间使用英文半角输入状态下_连接。如果超长,则从前面单词开始截取,保留单词前三位,保留完整的最后一个单词,如果依然超长,则保留前面单词首字母,直接和最后一个单词连接;临时表命名以TMP开头,命名格式为TMP_模块/用途名称_名字拼音首字母;表名不能直接采用关键字命名
1) 表命名:采用“业务名称_表的作用”格式命名(例如:alipay_task / force_project / trade_config)
2) 建表其他要求:表名长度不能超过30个字符;一定要指定一个主键字段;必须要根据业务对表注释;如果修改字段含义或对字段表示的状态追加时,需要及时更新字段注释;
3) 表必备字段:
`is_delete` tinyint(1) unsigned NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '状态(1删除、0未删除)',
`is_enabled` tinyint(1) unsigned NOT NULL DEFAULT '1' COMMENT '状态(1启用、0作废)',
`op_first` varchar(50) DEFAULT NULL COMMENT '创建人',
`op_first_time` datetime DEFAULT NULL COMMENT '创建时间',
`op_last` varchar(50) DEFAULT NULL COMMENT '更新人',
`op_last_time` datetime DEFAULT NULL COMMENT '更新时间',
3.3 建字段
1) 字段命名:
表中标识唯一性字段必须以标识性简称+id命名。其余字段根据存储信息,使用名词性质英文单词表示,如需要单词词组来进行概括,单词与单词之间使用英文半角输入状态下_连接。外键引用字段使用外键表_id的形式命名;字段名必须使用小写字母或数字,禁止出现数字开头,禁止两个下划线中间只出现数字;表达是与否概念的字段,必须使用 is_xxx 的方式命名,数据类型是 unsigned tinyint;表达逻辑删除的字段名 is_deleted,1 表示删除,0 表示未删除
2) 字段类型、长度
如果存储的字符串长度几乎相等,使用 char 定长字符串类型;小数类型为 decimal;id 必为主键,类型为 bigint unsigned;应尽量以自增INT类型为主键;优先选择符合存储需要的最小的数据类型;将字符串转化为数字类型存储;对于非负数据采用无符号整形进行存储signed int -2147483648-2147483648,unsigned int 0-2147483648,有符号比无符号多出一倍的存储空间;varchar(n) n代表字符数,不是字节数,varchar(255)=765个字节,过大的长度会消耗更多的内存;避免使用text\BLOB数据类型,建议text\BLOB列分离到单独的扩展表中,text\BLOB类型只能使用前缀索引;避免使用enum数据类型,修改enum需要使用alter语句,enum类型的order by操作效率低,需要额外操作,禁止使用数值作为enum的枚举值;尽可能把所有列定义为not null,索引null列需要额外的空间来保存,所以要占用更多的空间,进行比较和计算时要对null值做特别的处理;禁止字符串存储日期型的数据,缺点1:无法用日期函数进行计算和比较,缺点2:用字符串存储日期要占用更多的空间;使用timestamp或datetime类型存储时间,timestamp存储空间更小;财务的相关金额使用decimal类型,decimal类型为精准浮点数,在计算时不会丢失精度,float、double非精准浮点数
3) 字段其他要求
字段名称长度不能超过30个字符、尽量减少或者不使用联合主键、字段尽可能不允许为null(为null时设定默认值)、文本类型字段,属性 字符集(utf8mb4),排序规则(utf8mb4_general_ci)、字段必须根据业务进行注释。
3.4 建索引
主键索引名为 pk_字段名;唯一索引名为 uk_字段名;普通索引名则为 idx_字段名。
说明:pk_ 即 primary key;uk_ 即 unique key;idx_ 即 index 的简称。
3.5 创建数据库表视图
1) 视图命名:以"v_项目名/模块名_用途"格式命名
2) 视图其他要求:视图名称长度不能超过30个字符
3.6 建存储过程及自定义数据库函数
1) 存储过程命名:以"sp_用途"格式命名
2) 自定义数据库函数:以“fn_用途”格式命名
3) 存储过程或自定义数据库函数:参数命名以“p_”开头命名;内部变量命名以“v_”开头命名;游标命名以“cur_loop_”开头命名;循环变量命名以“i_found_”开头命名。
3.7 建数据库用户
用户命名:采用授权用户姓名全拼小写命名
3.8 其他要求
1) 查询大数据表,参数字段需建索引;
2) 数据库表、字段删除或变更操作(a-不需要的表或字段,一般备注“作废”即可;b-需要修改的表或字段,先备注作废原表或原字段,再创建新表或新字段,且备注好作废原因。);
九、牛奶蛋白属于什么蛋白?
牛奶蛋白又称牛乳蛋白,是牛奶中很多种蛋白质混和物总称。主要有酪蛋白和乳清蛋白两大部分组成。
前者牛奶在20摄氏度,PH值4.6条件下沉淀下来的蛋白质,余下溶解雨乳清的蛋白质均称为乳清蛋白,所有酪蛋白和乳清蛋白均为乳腺中的乳分泌细胞合成产物。
十、鸡蛋白属于植物蛋白还是动物蛋白?
动物蛋白。
蛋白的体积一般占整个鸡蛋的57%~58.5%,其中所含的蛋白质约为12%,主要是卵白蛋白,蛋白质中还含有一定的尼克酸、生物素和核黄素,以及多种矿物质。经常吃蛋白能够补充营养、增强免疫力、促进身体组织器官的修复和骨骼发育,对预防骨质疏松和小儿佝偻病也有一定的作用。
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