kegg通路是什么？

一、kegg通路是什么？

KEGG 是了解高级功能和生物系统（如细胞、 生物和生态系统），从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源，由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。

二、gseago和kegg区别？

一直都搞不清楚这两者的具体区别，只知道是将基因富集到代谢上。 前者是功能注释，即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms，没有阀值的。 后者是功能富集，即基因集（多个基因）可能显著的集中在哪些功能上面 例如选择P

三、kegg通路结果怎么分析？

kegg数据库通路信息的分级

近年来，各种新型的基因功能数据不断涌现。但作为最 古老传统的数据库之一，kegg数据库依然是大家最经常使用的数据库。kegg数据库的特点是，将基因和代谢物（化学信息） 以网络图的形式详细呈现出来，便于读者了解在机体内基因与代谢物的信号传递过程。

很重要的一点，kegg是人工收录的数据库。即，里面收录的信息都有文献支持，然后以手绘通路图的形式呈现基因-代谢物的关系。因此，虽然kegg的信息不全，更新时效性也较差，但非常可靠。秉承“信息不在多，以质取胜”的理念，kegg数据库就成了广大生物研究者最喜欢使用的数据库之一。

四、kegg富集分析是什么？

1 KEGG富集分析是一种生物信息学分析方法。2 它是基于KEGG数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）的功能注释和富集分析，用于研究基因组学、转录组学、代谢组学等领域中基因功能的富集情况。3 KEGG富集分析可以帮助人们更好地理解生物学实验中产生的差异表达基因所代表的生物学通路或功能模块，从而揭示这些差异表达基因可能参与的生物学机制。

五、kegg定位基因是什么？

KEGG，大多数人会将其当做一个基因通路（Pathway）的数据库，其实KEGG的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG下属4个大类和17个子数据库，而其中有一个数据库叫做 KEGG Pathway，专门存储不同物种中基因通路的信息，也是用的最多的一个，久而久之，KEGG被大家当做一个通路数据库了。

六、什么是kegg富集分析？

富集分析，是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析，挖掘在数据库中与我们要研究的生物学问题具有显著相关性的基因功能类别。

七、kegg信号通路图怎么分析？

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）信号通路图是一种用于描述生物体内分子相互作用的图表，可以帮助我们理解细胞内的信号传递和代谢途径。以下是KEGG信号通路图分析的一般步骤：

1. 确定研究对象：首先需要确定你要研究的生物体或细胞系，以及你感兴趣的信号通路。

2. 获取KEGG信号通路图：在KEGG数据库中搜索你感兴趣的信号通路，可以通过输入通路名称或通路编号来查找。找到通路后，可以下载对应的KEGG信号通路图。

3. 确定基因或蛋白质列表：根据你的研究目的，确定你要研究的基因或蛋白质列表。这些基因或蛋白质可以是已知的，也可以是你的实验数据中筛选出来的。

4. 将基因或蛋白质列表映射到KEGG信号通路图中：使用KEGG Mapper工具，将你的基因或蛋白质列表映射到KEGG信号通路图中。这将帮助你确定哪些基因或蛋白质参与了你感兴趣的信号通路。

5. 分析通路中的关键基因或蛋白质：根据你的研究目的，分析KEGG信号通路图中的关键基因或蛋白质。这些关键基因或蛋白质可能是调节信号通路的关键节点，也可能是与你的实验数据相关的基因或蛋白质。

6. 进一步分析：根据你的研究目的，可以进一步分析KEGG信号通路图中的其他信息，如代谢途径、信号传递等。

总之，KEGG信号通路图分析可以帮助我们理解生物体内分子相互作用的复杂性，为生物学研究提供重要的参考。

八、kegg通路分析怎么做？

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析是一种用于研究生物学过程和分子交互的方法。下面是进行KEGG通路分析的基本步骤：1. 数据获取：获取所需的基因表达数据或蛋白质互作数据。这可以是转录组测序数据、蛋白质质谱数据等。2. 基因注释：对基因进行注释，将它们与已知的基因和蛋白质进行匹配。可以使用公共数据库如NCBI或UniProt进行注释。3. 选择差异表达的基因（如果是转录组数据）或特定感兴趣的基因（如果是其他类型的数据）。根据研究的目的和实验设计进行选择。4. KEGG通路富集分析：使用KEGG富集分析工具，例如DAVID、GSEA、enrichr等，对选择的基因集进行KEGG通路富集分析。这些工具将基因与KEGG数据库中的通路进行比较，并确定哪些通路在基因集中富集。5. 结果解读：根据富集分析的结果，确定哪些KEGG通路在研究中起着重要的作用。这些通路可以提供关于基因集中参与的生物学过程和分子交互的信息。6. 进一步分析：基于通路分析的结果，可以进行更加深入的生物学实验和分析，来验证和探索通路的功能和机制。需要注意的是，KEGG通路分析只是研究生物学过程和分子交互的一种方法，结果需要结合其他实验和分析的结果进行综合解读。此外，分析的方法和工具可以根据具体的实验设计和研究领域进行调整和修改。

九、kegg 结果怎么分析？

前面小编给大家介绍过

☞ 如何挑选感兴趣的GO条目进行展示

☞ R四种风格展示挑选的GO富集结果

☞ 如何挑选感兴趣的KEGG通路进行展示

☞ 【R】气泡图和柱形图展示挑选的KEGG通路

最近有个粉丝反馈，按照视频中的方法挑选出感兴趣的GO条目之后，运行R代码绘图，遇到了一个很诡异的问题。读取文件没有报错（error），虽然有一个warning（了解小编的人都知道，小编一向是忽略warning的，因为warning不会终止程序运行），

运行到后面画图的时候就有问题了。粉丝认真检查文件确实没有问题。小编拿到文件后，看到确实是一个csv文件，

也能用Excel打开，虽然跳出一个对话框。如果你直接叉掉了，可能很难发现问题所在了。这个警告说文件格式和后缀不匹配。

文件打开之后，可以看到还有颜色标注。csv文件虽然能用Excel打开，但本质上是一个纯文本文件，里面是无法设置格式的。即使你在Excel里面设置了，保存成csv文件的时候这部分信息也会丢失。

到这里，基本能断定问题出在文件格式上了。这位粉丝的GO_all_enrich_selected.csv文件，其实是一个披着csv外衣的xlsx文件。可能这位粉丝编辑完Excel文件后，为了保证跟视频里面的后缀一样，直接改了文件后缀名。

这里给出两个解决方法。

1. 打开这个假的GO_all_enrich_selected.csv文件，另存为真正的csv文件。具体可以参考☞ 如何挑选感兴趣的GO条目进行展示

2.用R来读取xlsx文件

#安装readxl
BiocManager::install("readxl")
library(readxl)
#读取excel文件
GO_result=read_excel("GO_all_enrich_selected.csv")
GO_result

可以看到数据已经成功的读到GO_result中了

接着再使用☞ R四种风格展示挑选的GO富集结果 画图就没有任何问题了。

更多GO和KEGG富集分析相关的干货

十、kegg数据库是否是开源的？

数据库不是开源的，需要付费才可以调用。