python
老话题对SA来说用perl还是python比较好?
从三个角度比较:
数据分析:指的是对数据过滤、格式转换、关联、统计的能力。处理不规则的数据,Perl 正则最强,Python也不若,R 很差;R 和 Python 对矩阵(dataframe)形数据支持很强,不过我还是觉得 dplyr 比 pandas 好用一些;R 和 Python 统计能力也都不错。
可视化:Perl 绘图弱爆了,R 有 ggplot,Python 有 matplotlib,如今也支持 ggplot。
生信支持:对生信的支持指的是生物信息特有的一些分析,比如计算GC含量、取反向互补序列、富集、生存分析、WGCNA等。BioPerl 处理计算GC含量、取反向互补序列 这种比较擅长;BioPython 较弱,平时我用的只有读取各种格式序列这个功能;而 Bioconductor 太强大了。
所以,R 无疑是必学的,Python 完全可以取代 Perl,但是看在很多年老的软件使用 Perl 写的份上,建议
学会 Python,看懂 Perl
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