老话题对SA来说用perl还是python比较好？

从三个角度比较：

数据分析：指的是对数据过滤、格式转换、关联、统计的能力。处理不规则的数据，Perl 正则最强，Python也不若，R 很差；R 和 Python 对矩阵（dataframe）形数据支持很强，不过我还是觉得 dplyr 比 pandas 好用一些；R 和 Python 统计能力也都不错。

可视化：Perl 绘图弱爆了，R 有 ggplot，Python 有 matplotlib，如今也支持 ggplot。

生信支持：对生信的支持指的是生物信息特有的一些分析，比如计算GC含量、取反向互补序列、富集、生存分析、WGCNA等。BioPerl 处理计算GC含量、取反向互补序列 这种比较擅长；BioPython 较弱，平时我用的只有读取各种格式序列这个功能；而 Bioconductor 太强大了。

所以，R 无疑是必学的，Python 完全可以取代 Perl，但是看在很多年老的软件使用 Perl 写的份上，建议

学会 Python，看懂 Perl